来自美国能源部（DOE）西北太平洋国家实验室（Pacific Northwest National Laboratory，PNNL）的研究人员发明了一种新型仪器能提高蛋白表达检测的速度和质量。这种蛋白质谱仪（protein massspectrometer，PROMS）是开发的第一个针对蛋白质组学研究的高通量质谱仪。这一质谱仪由RichardD.Smith和他的同事从一种9.4特斯拉的傅立叶变换离子回旋共振质谱仪（Fourier Transform IonCyclotr on Resonance Mass Spectrometer）改装而来——这种共振质谱仪是由Bruker Daltonics（布鲁克·道尔顿公司，著名的仪器公司）制造。
根据PNNL的报告，PROMS相比于其它MS，灵敏性高100多倍，速度也要快10-100倍。这项新的设计集合了Smith和他的团队的一项发明：在MS上应用动力学范围增长，这样克服了MS同一时间能测量的分子数量限制障碍，利用DREAMS研究人员能排除最大，丰度最高的蛋白的影响，将精力集中在低水平蛋白上。Smith表示，在生物过程中越是数量少，不常见的player越是起着重要的作用，就像细胞信号传导过程中信号因子的作用。 PNNL研究人员利用这一系统检测了一巨细胞病毒（cytomegalovirus）——已知引起视网膜炎症，以及DOE感兴趣的3个微生物。在2002年利用PROMS，研究人员识别了耐辐射奇球菌（DeinococcusRadiodurans）中预测蛋白质组的1900多个蛋白（大约共3,200个，占61%）（M.S.Liptonetal.,Globa lanalysis of the Deinococcus radiodurans proteome by usingaccurate masstags,Proceedings of the National Acade my of Sciences,99:11049-54,Aug.20,2002.），这项成果是当时为止任何生物中覆盖最广的蛋白质组分析结果。
